במה שני הפורמטים באמת נבדלים
פחות משנדמה, אבל מספיק כדי שאחד ייפול איפה שהשני עובד. קובץ WebVTT חייב להתחיל במילה WEBVTT בשורה הראשונה; אם היא לא מופיעה, הדפדפן זורק את כל הקובץ בלי אזהרה. המילישניות מופרדות בנקודה, לא בפסיק. והמספור הרציף, חובה ב‑SRT, לא משחק כאן שום תפקיד.
יש הבדל רביעי שעליו נופלים רוב הממירים הפשוטים: ב‑WebVTT הטקסט נקרא כ‑HTML. סימן & או סימן «קטן מ» בלי קידוד (escape) נקראים כתגית ויכולים לשבש את שאר השורה. כאן מקודדים אותם כראוי לפני יצירת הקובץ.